Оптимизировать PDF можно легко и просто:

sudo apt-get install ghostscript
gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/ebook -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output1.pdf input.pdf

По времени файл размером 56Мб сжат до 11Мб:

real 20m56.141s
user 20m52.912s
sys 0m1.868s

степень сжатия определяется ключом -dPDFSETTINGS

-dPDFSETTINGS=/screen (screen-view-only quality, 72 dpi images)
-dPDFSETTINGS=/ebook (low quality, 150 dpi images)
-dPDFSETTINGS=/printer (high quality, 300 dpi images)
-dPDFSETTINGS=/prepress (high quality, color preserving, 300 dpi images)
-dPDFSETTINGS=/default (almost identical to /screen)